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diff --git a/_preamble.tex b/_preamble.tex
index a0b261e..7041fd2 100644
--- a/_preamble.tex
+++ b/_preamble.tex
@@ -1,14 +1,12 @@
-\documentclass{scrbook}
+\documentclass[open=any, DIV=classic]{scrbook}
 \usepackage[french]{babel}
 
 \usepackage{fontspec}
-\setmainfont{Old Standard}
 \addtokomafont{disposition}{\rmfamily}
 
 \usepackage{csquotes}
-\usepackage{etoolbox}
-\usepackage{tikz}
-\usepackage[breakable, skins, listings, xparse]{tcolorbox}
+\usepackage[font=footnotesize, rightmargin=0pt]{quoting}
+\usepackage[svgnames]{xcolor}
 
 \usepackage{hyperref}
 \hypersetup{unicode,colorlinks}
@@ -18,4 +16,4 @@
 \author{Robert Alessi}
 \lowertitleback{\footnotesize\textcopyright{} 2018 Robert Alessi
   \mailto[courses]{robert.alessi@cnrs.fr}
-  \doclicenseThis}
\ No newline at end of file
+  \doclicenseThis}
diff --git a/fichiers/01-ligne-de-commande.tex b/fichiers/01-ligne-de-commande.tex
index 28a6241..d4a670f 100644
--- a/fichiers/01-ligne-de-commande.tex
+++ b/fichiers/01-ligne-de-commande.tex
@@ -1,8 +1,370 @@
 \input{../_preamble}
-\title{Test}
+\usepackage{menukeys}
+\title{La ligne de commande}
+\usepackage{dingbat}
+\usepackage{mdframed}
+\mdfsetup{
+  backgroundcolor=Lavender,
+  hidealllines=true}
+\usepackage{minted}
+\surroundwithmdframed{minted}
+\setminted{
+  breaklines,
+  breaksymbolright=\small\carriagereturn}
+\setmintedinline{bgcolor=Lavender}
 \begin{document}
 \maketitle
-\tableofcontents
-\addchap{Introduction}
+
+\chapter{Introduction}
+\label{cha:introduction}
+La \emph{ligne de commande} est avant tout une interface de
+communication avec l'ordinateur, tout comme le sont les interfaces
+graphiques auxquelles nous sommes habitués. Les interfaces graphiques
+telles que le \emph{Bureau} sous Windows ou bien le \emph{Finder} sous
+Mac OS sont en réalité comme une couche qui se superpose à la ligne de
+commande, qui continue toujours à exister. Tout en masquant à
+l'utilisateur la ligne de commande, elles traduisent néanmoins en
+ligne de commande les opérations qui sont faites à l'aide de la
+souris.
+
+\paragraph{Exemple} Supposons que l'on veuille créer un
+répertoire\footnote{C'est ansi que l'on appellera ce qui, sous Windows
+  et Mac OS X, se nomme \emph{dossier}.} nommé \emph{travail} sur le
+bureau, puis déplacer dans ce réperoire un fichier \emph{exemple.pdf}
+que l'on vient de créer. À l'aide de la souris, on doit à peu près
+effectuer les opérations suivantes:
+\begin{enumerate}
+\item faire un simple-clic du bouton droit de la souris, et choisir
+  \menu{Dossier>Nouveau} dans le menu contextuel qui s'affiche;
+\item dans la fenêtre qui s'affiche, saisir le nom du nouveau
+  répertoire: \directory{travail}, puis cliquer sur le bouton
+  \menu{Ok};
+\item dernière opération, le déplacement du fichier
+  \emph{exemple.pdf}: à l'aide du bouton gauche de la souris, faire
+  glisser le fichier \emph{exemple.pdf} sur l'icône du répertoire
+  \emph{travail}, et relâcher le bouton à ce moment.
+\end{enumerate}
+Pour réaliser les mêmes opérations à la ligne de commande, il aurait
+fallu saisir les lignes suivantes:
+\begin{enumerate}
+\item création du dossier \emph{travail}:\\
+  \mintinline{bash}{mkdir travail}
+\item déplacement du fichier \emph{exemple.pdf} dans le dossier
+  travail: \\
+\mintinline{bash}{mv exemple.pdf travail}
+\end{enumerate}
+
+\paragraph{Commentaire}
+Il faut bien comprendre que le rôle de l'interface graphique n'est que
+de traduire en lignes de commande les opérations que nous effectuons à
+l'aide de la souris.  Reprenons à présent les deux dernières lignes de
+commande pour mieux les comprendre:
+\label{sec:commentaire}
+\begin{enumerate}
+\item dans \og\mintinline{bash}{mkdir travail}\fg,
+  \mintinline{bash}{mkdir} est le nom d'un programme fait pour créer
+  des répertoires; \mintinline{bash}{mkdir} est en effet pour
+  l'anglais \emph{make directory}. Quant à \emph{travail}, c'est tout
+  simplement le nom du répertoire qu'on veut faire créer par le
+  programme \mintinline{bash}{mkdir}. La terminologie est la suivante:
+  \mintinline{bash}{mkdir} est le nom du programme, et
+  \mintinline{bash}{travail} est \emph{l'argument} que l'on passe à
+  \mintinline{bash}{mkdir}. Remarquez que l'on doit séparer l'argument
+  du nom du programme par un espace. Pour terminer, on appuie sur la
+  touche \emph{Entrée} pour commander l'exécution du programme.
+\item dans \og\mintinline{bash}{mv exemple.pdf travail}\fg, le nom du
+  programme est \mintinline{bash}{mv}, pour l'anglais \emph{move}; sa
+  fonction est de déplacer des fichiers ou des répertoires. Comme son
+  comportement, par rapport au programme \mintinline{bash}{mkdir}, est
+  différent, il accepte non pas un, mais deux arguments, chacun séparé
+  par des espaces.  Observez de nouveau cette ligne de commande:
+  tandis que le premier argument est le nom du fichier que l'on
+  souhaite déplacer, le deuxième est le nom du répertoire de
+  destination de ce fichier. Pour terminer, de la même manière que
+  précédemment, on appuie sur la touche \emph{Entrée} pour commander
+  le déplacement du fichier.
+\end{enumerate}
+
+Par cet exemple, on espère faire comprendre que si la syntaxe de la
+ligne de commande peut paraître au premier abord difficile à
+maîtriser, elle permet aussi, par sa sobriété même, de réaliser de
+manière bien plus rapide et bien plus sûre les opérations que l'on
+fait à l'aide de la souris. En voici les principales raisons:
+\begin{itemize}
+\item l'interface graphique est une surcouche logicielle; elle
+  ralentit donc le système d'exploitation;
+\item l'interface graphique, comme tout logiciel très complexe,
+  comporte des erreurs de programmation. Ces \emph{bugs} peuvent aller
+  jusqu'à bloquer com\-plè\-te\-ment le système d'exploitation;
+\item à l'aide de l'interface graphique, on ne peut réaliser que les
+  équivalents en ligne de commande qui ont été prévus par les
+  programmeurs. En se privant de la ligne de commande, l'utilisateur
+  se prive donc aussi de pouvoir réaliser les opérations qui ont été
+  laissées de côté\footnote{C'est d'ailleurs ainsi, bien souvent, que
+    les techniciens compétents dépannent les ordinateurs: en réalisant
+    des commandes auxquelles l'interface graphique ne permet pas
+    d'accéder.};
+\item les lignes de commande peuvent être chaînées. Ainsi, par la
+  simple ligne\\ \mintinline{bash}{mkdir travail ; mv exemple.pdf
+    travail} on peut réaliser en une seule fois toutes les opérations
+  décrites pré\-cé\-dem\-ment. Il suffit, comme on le voit ici, de
+  séparer les commandes par un point-virgule \mintinline{bash}{;};
+\item les lignes de commande acceptent des caractères appelés
+  \emph{jokers} à l'aide desquels on peut déclencher des opérations
+  complexes, portant sur un très grand nombre de fichiers. Par
+  exemple, le caractère \mintinline{bash}{*} peut se substituer à
+  n'importe quelle chaîne de caractères. Ainsi, pour reprendre ce qui
+  précède, la commande\\ \mintinline{bash}{mv *.pdf travail} aura pour
+  effet de déplacer automatiquement tous les fichiers au format
+  \verb|PDF| dans le répertoire \emph{travail}.
+\end{itemize}
+
+En d'autres termes, en passant par la ligne de commande, l'utilisateur
+gagne en sécurité, en rapidité et en maîtrise du système ce qu'il perd
+en ergonomie.
+
+\section{Lancement du terminal}
+\label{sec:lanc-du-term}
+\begin{enumerate}
+\item Sous Linux, il suffit de rechercher dans le menu une application
+  nommée \emph{terminal} ou \emph{xterm} dans les \emph{outils
+    système}.
+\item Sous MacOs, l'application s'appelle \emph{terminal}. Elle donne
+  accès à un nombre limité de commandes.
+\item Sous Windows, il faut installer \emph{Cygwin} qui est disponible
+  à l'adresse suivante: \url{https://cygwin.com}. Pour savoir comment
+  faire:
+  \begin{enumerate}
+  \item \url{https://x.cygwin.com/docs/ug/setup.html} (en anglais)
+  \item \url{http://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/cygwin-install} (en
+    français: dans ce document, il faut cependant sauter le point 10a)
+  \end{enumerate}
+\end{enumerate}
+
+\chapter{Chemins d'accès et premières commandes}
+\label{cha:les-chemins-dacces}
+Les commandes portent le plus souvent sur des fichiers. Il est donc
+important, pour savoir où se trouvent les fichiers que vous voulez
+traiter, de connaître leur \emph{chemin d'accès}.
+
+\section{Chemins relatifs et absolus}
+\label{sec:chemins-relatifs-et}
+
+\paragraph{Le home directory}
+\label{sec:le-home-directory}
+Dans les systèmes Linux, tous vos fichiers se trouvent dans votre
+répertoire personnel, appelé le \emph{home directory}. Le nom de votre
+répertoire personnel est le même que celui de l'identifiant sous
+lequel vous vous êtes connecté. Par ailleurs, tous les répertoires des
+différents utilisateurs sont situés à la racine du disque dur dans un
+répertoire fondamental appelé \mintinline{bash}{home}.
+
+Supposons que votre identifiant soit \mintinline{bash}{jacques}; votre
+répertoire personnel sera donc:
+\begin{minted}{bash}
+/home/jacques
+\end{minted}
+Obervez attentivement cette ligne. Vous remarquez que les noms des
+répertoires sont séparés par le caractère \mintinline{bash}{/}. Cela
+veut dire que le signe \mintinline{bash}{/} est utilisé pour indiquer
+que l'on passe d'un répertoire donné à l'un de ses
+sous-répertoires. Dans notre exemple, le répertoire
+\mintinline{bash}{jacques} est donc inclus dans le répertoire
+\mintinline{bash}{home}.
+
+Remarquez encore le \mintinline{bash}{/} qui est placé \emph{devant}
+\mintinline{bash}{home}: comme il n'est lui-même précédé de rien, il
+indique que le répertoire \mintinline{bash}{home} est placé \emph{à la
+  racine du disque dur}.
+
+\paragraph{Definition: chemins absolus, chemins relatifs}
+\label{sec:chem-absol-chem}
+Un chemin d'accès est dit \emph{absolu} quand il est donné à partir de
+la racine du disque dur. Il est \emph{relatif} quand il est donné à
+partir de tout autre endroit du disque dur. Soit par exemple le
+répertoire \mintinline{bash}{travail} créé par l'utilisateur
+\mintinline{bash}{jacques} dans son répertoire personnel. À partir de
+ce répertoire, le chemin d'accès absolu sera
+\begin{minted}{bash}
+/home/jacques/travail/
+\end{minted}
+tandis que le chemin relatif sera
+\begin{minted}{bash}
+travail/
+\end{minted}
+Corrolaire: tout chemin d'accès absolu commence nécessairement par le
+caractère \mintinline{bash}{/}; quand ce n'est pas le cas, le chemin
+d'accès est nécessairement relatif.
+
+\paragraph{Conventions}
+\label{sec:conventions}
+Il existe un grand nombre de raccourcis ou de signes conventionnels
+qui sont utilisés dans la ligne de commande. On en retiendra trois
+pour le moment:
+\begin{itemize}
+\item \emph{home directory}: depuis tout endroit du disque dur, tout
+  utilisateur peut accéder à son répertoire personnel par le raccourci
+\begin{minted}{bash}
+~/
+\end{minted}
+  Ainsi, pour l'utilisateur \mintinline{bash}{jacques},
+  \mintinline{bash}{~/travail} est l'équivalent de \\
+  \mintinline{bash}{/home/jacques/travail}.
+\item répertoire parent: quel que soit le répetoire dans lequel on se
+  trouve, la séquence \mintinline{bash}{..} désigne le
+  \emph{répertoire parent}, c'est-à-dire le répertoire qui le
+  contient, ou bien qui est situé au niveau supérieur dans
+  l'arborescence du disque dur. Par exemple, à partir du répertoire
+  \mintinline{bash}{/home/jacques/travail}, \mintinline{bash}{..}
+  désigne le répertoire \mintinline{bash}{/home/jacques}.
+\item répertoire courant: Quant au signe \og\mintinline{bash}{.}\fg,
+  il désigne tout simplement le répertoire dans lequel on se trouve.
+\end{itemize}
+
+\section{Premières commandes}
+\label{sec:prem-comm}
+
+\paragraph{pwd}
+\label{sec:pwd}
+Signifie \emph{print working directory}. Cette commande vous retourne
+tout simplement le chemin d'accès absolu du répertoire dans lequel
+vous vous trouvez. Très utile pour ne pas se perdre! Exemple:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ pwd
+/home/robert
+\end{minted}
+\begin{quoting}\footnotesize
+  La séquence \mintinline{bash}+[robert@kiddo ~]$+ est \emph{l'invite
+    de commande} (anglais \emph{prompt}). C'est à la suite de cette
+  invite que l'on entre les commandes. Nous y reviendrons. Observez
+  pour le moment quelques unes des informations données par cette
+  invite: l'utilisateur \mintinline{bash}{robert} est connecté sur
+  l'ordinateur \mintinline{bash}{kiddo}; ensuite, le signe
+  \mintinline{bash}+~+ indique qu'il se trouve dans son \emph{home
+    directory}, ce que retourne en effet la commande
+  \mintinline{bash}+pwd+ qui a été entrée ici. Enfin, le signe
+  \mintinline{bash}|$| indique que l'utilisateur
+  \mintinline{bash}|robert| n'est pas l'administrateur du système. En
+  effet, le \emph{prompt} de l'administrateur du système, que l'on
+  appelle \emph{root}, se termine par le signe
+  \mintinline{bash}|#|. Exemple:
+\begin{minted}{bash}
+[root@kiddo ~]# pwd
+/root
+[root@kiddo ~]# 
+\end{minted}
+  Remarquez que le \emph{home directory} de l'utilisateur
+  \mintinline{bash}|root| n'est pas situé dans le répertoire
+  \mintinline{bash}|/home| qui est réservé aux utilisateurs non
+  privilégiés.
+\end{quoting}
+
+\paragraph{mv}
+\label{sec:mv}
+Signifie \emph{move}. Cette commande déplace les fichiers d'un endroit
+vers un autre. La syntaxe est la suivante:
+\begin{minted}[showspaces]{bash}
+mv <source> <destination>
+\end{minted}
+\begin{quoting}\footnotesize
+  Par convention, le signe \verb*+ + marque l'espace.
+\end{quoting}
+Exemple: déplacement du fichier \mintinline{bash}{trachiniennes.pdf}
+dans le répertoire \mintinline{bash}{travail}:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ mv trachiniennes.pdf travail/
+\end{minted}
+Déplacement du fichier \mintinline{bash}{trachiniennes.pdf} depuis le
+répertoire \mintinline{bash}{travail} vers le répertoire courant
+(désigné par le raccourci \mintinline{bash}|.|):
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ mv travail/trachiniennes.pdf .
+\end{minted}
+Déplacement avec indication des chemins absolus:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ mv /home/robert/trachiniennes.pdf /home/robert/travail/
+\end{minted}
+Utilisation de raccourcis:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ mv ~/trachiniennes.pdf ~/travail/
+\end{minted}
+
+\paragraph{cp}
+\label{sec:cp}
+Signifie \emph{copy}. Cette commande copie des fichiers depuis un
+endroit vers un autre. La syntaxe est comparable à celle de la
+séquence \mintinline{bash}{mv}.
+\begin{minted}[showspaces]{bash}
+cp <source> <destination>
+\end{minted}
+Exemple: copie du fichier \mintinline{bash}{trachiniennes.pdf} dans le
+répertoire \mintinline{bash}{travail}:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ cp trachiniennes.pdf travail/
+\end{minted}
+Copie du fichier \mintinline{bash}{trachiniennes.pdf} depuis le
+répertoire \mintinline{bash}{travail} vers le répertoire courant
+(désigné par le raccourci \mintinline{bash}|.|):
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ cp travail/trachiniennes.pdf .
+\end{minted}
+Copie avec indication des chemins absolus:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ cp /home/robert/trachiniennes.pdf /home/robert/travail/
+\end{minted}
+Utilisation de raccourcis:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ cp ~/trachiniennes.pdf ~/travail/
+\end{minted}
+
+\paragraph{cd}
+\label{sec:cd}
+Signifie \emph{change directory}. Permet de changer de répertoire
+courant, par exemple pour travailler sur les fichiers d'un répertoire
+différent de son \emph{home directory}. La syntaxe est la suivante:
+\begin{minted}[showspaces]{bash}
+cd <"chemin_d'accès_du_nouveau_répertoire">
+\end{minted}
+
+Exemple: changement vers le répertoire \mintinline{bash}|/usr/bin|:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ cd /usr/bin
+[robert@kiddo /usr/bin]$ 
+\end{minted}
+\begin{quoting}\footnotesize
+  Remarquez le changement de l'invite après l'exécution de la
+  commande. L'invite nous donne l'indication du nouveau répertoire.
+\end{quoting}
+Confirmation par la commande \mintinline{bash}{pwd}:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo /usr/bin]$ pwd
+/usr/bin
+[robert@kiddo /usr/bin]$ 
+\end{minted}
+\begin{quoting}\footnotesize
+  NB: la commande \mintinline{bash}{cd} seule fait revenir l'utilisateur
+  directement dans son \emph{home directory}.
+\end{quoting}
+
+\paragraph{ls}
+\label{sec:ls}
+Signifie \emph{list}. Affiche à l'écran tous les fichiers et les
+répertoires contenus dans un répertoire donné. Si on ne précise pas le
+répertoire dont il faut lister les fichiers, la commande liste les
+fichiers du répertoire courant. Exemple: on vérifie que le fichier
+\mintinline{bash}{trachiniennes.pdf} se trouve bien dans le répertoire
+travail:
+\begin{minted}{bash}
+[robert@kiddo ~]$ ls travail/
+trachiniennes.pdf
+\end{minted}
+\begin{quoting}\footnotesize
+  Comme on le voit, la commande retourne le nom du seul fichier qui se
+  trouve dans le répertoire \mintinline{bash}{travail}.\\
+  La commande \mintinline{bash}{ls} est l'une des plus importantes;
+  elle admet de nombreuses options que nous détaillerons plus loin
+  dans ce cours.
+\end{quoting}
+
 
 \end{document}
diff --git a/makefile b/makefile
index 81236ac..25be7fc 100644
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -1,17 +1,18 @@
-all: clean
+all: pdf
 
 pdf: clean
         find ./* -type f | grep -v '_.*.tex' | grep 'tex$$' > texfiles
         while read l ; do \
-                latexmk -quiet -cd -lualatex $$l ; \
+                latexmk -quiet -cd -lualatex -e '$$lualatex=q/lualatex %O --shell-escape %S/' $$l ; \
                 done < texfiles
         while read l ; do \
                 latexmk -c -cd -lualatex $$l ; \
                 done < texfiles
+        find -type d | grep -i "_minted.*" | xargs rm -rf
 clean:
         rm -rf .backup
         find -iname "*~" | xargs rm -rf
-        find ./* -type f | grep 'makefile\|md$$\|tex$$' > ls-R
+        find ./* -type f | grep 'makefile\|\.md$$\|\.tex$$' > ls-R
         rsync -avPr --files-from=ls-R . .backup
         cp ls-R .backup
         rm -rf *